Фамилия Кипотин — один из примеров, где исходное слово почти забыто, а фамилия осталась. В её основе лежит диалектное или устаревшее прозвище Кипота. Скорее всего, оно связано с глаголом «кипеть» или существительным «кипень» (пена, белая шапка на волне). В северных и сибирских говорах «кипота» могла означать суету, шум, бурную деятельность — так могли прозвать беспокойного, вспыльчивого или очень деятельного человека. Менее вероятна, но возможна связь с тюркскими корнями, где «кип» означало «обилие, множество», но это лишь гипотеза без серьёзного подтверждения.

Фамилия образована по продуктивной модели с суффиксом -ин, который в русских фамилиях указывает на принадлежность: сын Кипоты, человек из рода Кипоты. Это типичная «патронимическая» фамилия, но не от крестильного имени, а от прозвища. Аналогично построены фамилии Болотин (от «болота»), Шубин (от «шуба»), где основа — нарицательное слово.

Географически фамилия редкая и встречается преимущественно в центральных и южных областях России, с отдельными гнёздами на Урале. В дореволюционных переписях она почти не фиксируется в дворянских родословных — скорее всего, носители были крестьянами или мещанами. Интересно, что написание «Кипотин» устойчиво, в отличие от возможных вариантов «Кипотенко» или «Кипотов», которые встречаются у украинских и белорусских однофамильцев.

Спорных версий здесь две: первая — от слова «кипа» (связка, тюк), тогда прозвище Кипота мог получить торговец или упаковщик; вторая — от греческого «кипос» (сад), что маловероятно для русской фамилии. Наиболее правдоподобна версия с «кипеть» — она объясняет и суффикс, и типичную для русских прозвищ образность. Фамилия Кипотин, таким образом, хранит память о характере или занятии предка, который в глазах окружающих был «кипучим» человеком.