Фамилия Кирпотин образована от прозвища Кирпота. В её основе лежит украинское или южнорусское слово «кирп» — так в некоторых говорах называли горбатого, сутулого человека, либо того, у кого была кривая, «согнутая» походка. Суффикс -ота в прозвищах часто добавлялся к прилагательным и глаголам, обозначая носителя признака или действия: Кирпота — буквально «горбун», «сгорбленный». Слово «кирпатый» в диалектах означало «горбатый, сгорбленный», и прозвище могло описывать внешность человека, который ходил сгорбившись, либо его характер — угрюмый, «согнутый» жизнью.

Модель образования фамилии проста: прозвище Кирпота получило патронимический суффикс -ин, который в русской традиции указывал на принадлежность: «чей?» — Кирпотин, то есть сын Кирпоты. В украинской среде аналогичная фамилия могла бы звучать как Кирпотенко, а в белорусской — Кирпота. Встречается также вариант Кирпот, без суффикса, и фамилия Кирпа, образованная от той же основы.

География фамилии Кирпотин связана с южнорусскими областями (Курская, Воронежская, Ростовская) и восточной Украиной. В XIX веке Кирпотины фиксировались преимущественно среди крестьян и мещан Черниговской и Харьковской губерний. Редкость фамилии объясняется тем, что прозвище Кирпота было малопривлекательным — давали его неохотно, и в документах оно оставалось скорее как внутрисемейное, чем официальное.

Отдельного внимания заслуживает ударение. В большинстве случаев фамилия произносится с ударением на второй слог — Кирпо́тин, хотя в некоторых говорах возможно ударение на первый, что сближает её с диалектным «кирпатый». В любом случае, основа не имеет отношения к «кирпичам» или «потиранию» — это чисто антропонимическое образование от описания внешности.