Фамилия Кирдюшкина — это женская форма, а мужская, Кирдюшкин, образована от прозвища или нецерковного имени Кирдюшка. Разговорная модель с суффиксом -к(а) типична для русских фамилий, и в данном случае она указывает на принадлежность к роду человека по прозвищу. Само имя Кирдюшка — это производная форма от крестильного имени Кирдиан (с греческого «господский»), либо от редкого имени Кир (от греческого «господин»). В русской народной среде такие имена часто переделывали на свой лад, добавляя уменьшительно-ласкательные суффиксы.

Вторая, более правдоподобная версия, отсылает к мирскому прозвищу, которое не связано с церковным календарем. В говорах слово «кирдюк» или «кирдя» могло означать «упрямец», «капризный человек» или «задира». В диалектах Пензенской, Тамбовской и Рязанской губерний «кирдюк» фиксировали как прозвище для сварливого или своенравного человека. Такая основа встречается реже, чем фамилии от канонических имен, что делает Кирдюшкиных носителями редкого прозвищного корня.

Географически фамилия тяготеет к среднерусским и поволжским областям. В дореволюционных переписях Кирдюшкины встречались в основном в Саратовской и Самарской губерниях, а также в Мордовии, где осели переселенцы из центральных уездов. Суффикс -ин указывает на то, что предок носителя фамилии был известен в своей общине как Кирдюшка — либо по имени, либо по характеру.

Известных носителей фамилии, вошедших в энциклопедии или справочники, нет. Это фамилия крестьянского или мещанского сословия, не получившая дворянского распространения. Её редкость объясняется тем, что основа «кирдюк» — локальная и не перешла в общерусский литературный язык, а осталась в говорах. Если ваши предки носили эту фамилию, скорее всего, они происходили из сел на границе нынешних Пензенской и Ульяновской областей, где диалектная лексика сохраняла такие прозвища до начала XX века.