Фамилия Кирдюк образована по распространенной восточнославянской модели с суффиксом -юк, который в украинской, белорусской и южнорусской ономастике указывает на родство по отцу: Кирдюк — это «сын Кирда» или «потомок Кирда». Основа фамилии — прозвище Кирд, которое восходит к нарицательному слову «кирд». Слово это неоднозначное, и его значение зависит от региона и контекста.

Наиболее правдоподобная версия связывает прозвище с тюркским «кырд» или «керт» — «крепость», «твердыня». В южнорусских и украинских говорах «кирд» могло означать «стая», «гурт» (например, отара овец или табун лошадей). Соответственно, прозвище могли дать либо пастуху, либо человеку, который держал большое стадо. Встречается и значение «упрямый», «крепкий» — как характеристика характера. Вполне возможно, что основатель рода Кирдюк состоял в каком-либо объединении или общине, за что и получил соответствующее прозвище.

Со временем прозвище Кирд, изначально присоединенное к личному имени, полностью заменило его как в быту, так и в официальных документах. Суффикс -юк закрепил патронимическое значение: так называли сына, внука или младшего родственника человека по прозвищу Кирд. Фамилия бытует преимущественно на западе Украины и в прилегающих районах Беларуси, что подтверждает её связь с украинской словообразовательной традицией.