Фамилия Кирдеев почти наверняка мордовского происхождения. Её основа — мужское имя Кирдей, которое в эрзянском или мокшанском языке связано с глаголом «кирдемс». У этого глагола два основных значения: «терпеть» и «держать». Имя Кирдей могло даваться ребёнку как пожелание терпеливого характера или как оберег, призывающий «удержать» его в жизни. Модель образования проста: к мордовскому имени Кирдей добавили русский патронимический суффикс -ев, который указывает на принадлежность («чей?» — Кирдеев). Получается: потомок Кирдея.

Существует и другая версия, но она заметно слабее. Согласно ей, в основе лежит прозвище Кирдей от слова «кирд», которое якобы обозначало какое-то объединение или общину. Однако конкретного значения у слова «кирд» в этом контексте нет, а мордовская этимология объясняет фамилию прозрачно и логично, без натяжек. Поэтому версию с прозвищем можно считать маловероятной.

Фамилия Кирдеев — пример того, как финно-угорские имена органично вошли в русскую фамильную систему. Встречается она преимущественно в регионах Поволжья, где исторически жили мордва: в Нижегородской, Пензенской, Ульяновской областях, в Мордовии. Носителей фамилии в других частях России гораздо меньше, что подтверждает её локальные корни.