Фамилия Кирдяшкина образована от прозвища или имени Кирдяшка. Чаще всего основой считают слово «кирд» — так в некоторых русских говорах называли общее стадо овец, которое на артельных началах собирали 8–10 крестьян или «десятинщиков» (владельцев небольших стад). Вероятно, предок носительницы фамилии состоял в таком объединении, и односельчане закрепили за ним прозвище Кирдяшка. Модель фамилии простая: к основе на -а добавили патронимический суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — Кирдяшкин), а затем — стандартное окончание женского рода -а. Такая схема типична для восточнославянских фамилий, образованных от прозвищ с конечным -а.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с мордовским (эрзянским) именем Кирдаш. Оно восходит к глаголу «кирдемс» — «терпеть», «держать». В этом случае имя давали ребёнку, желая ему выносливости, снисходительности и великодушия. Если принять эту версию, то фамилия оказывается не русской по происхождению, а финно-угорской, адаптированной русским суффиксом. Первая гипотеза (от «кирда» — стада) выглядит правдоподобнее: она опирается на реальное хозяйственное явление и не требует допущения о смене языка, тогда как мордовское имя должно было сначала превратиться в прозвище Кирдяшка, что менее естественно.

Географически фамилия Кирдяшкина встречается в Поволжье, что косвенно поддерживает обе версии: и артельное овцеводство, и мордовские корни распространены именно там. Суффикс -ин вместо -ов указывает, что основа прозвища оканчивалась на согласный или -а, а не на твёрдый согласный, как в случае с «Кирдяшов» (от Кирдяш). Написание через «я» (Кирдяшка, а не Кирдашка) говорит о смягчении в произношении, что характерно для русской адаптации иноязычных или диалектных слов.