Фамилию Кириенков чаще всего объясняют как русское переоформление украинской фамилии Кириенко. В этом случае исходная фамилия образована по модели «имя + суффикс -енко» (характерному для Украины), а русский суффикс -ов превратил её в привычное «Кириенков». Но это — не единственная версия.

Корень фамилии — имя Кириен. Оно восходит к крестильному имени Кирилл, которое в переводе с греческого означает «маленький господин». Однако имя Кириен могло возникнуть и иначе: как вариант имени Кирей (Гирей), хорошо известного у крымских ханов. Есть и ещё одно объяснение: в основе имени Кирей лежит тюркское слово «керай», то есть «сильный, могущественный». Эта версия не лишена оснований — известно, что род Киреенковых ведёт начало от литовского татарина Мисюра Киреенкова, купленного князем Василием I в начале XV века.

Если же принять первую, церковную версию, то фамилия Кириенков может быть отчеством второго порядка: Кириенков — сын Кириенко, внук Кириена. То есть фамилия не сразу закрепилась за родом, а прошла через ступень украинского патронима. Окончательный вид — с русским суффиксом -ов — говорит о том, что носители фамилии оказались в русской языковой среде, где фамилии на -енко переделывали на привычный лад.

Точное место и время возникновения фамилии Кириенков сейчас определить трудно: процесс формирования фамилий у славян был долгим и шёл неравномерно. Ясно одно: перед нами памятник не только письменности, но и живого языкового контакта — между греческой церковной традицией, тюркскими именами и русско-украинским пограничьем.