Фамилия Кирисенко — типичный пример украинской модели фамилий на -енко, которая в XVI–XVII веках распространилась по всей территории современной Украины. Суффикс -енко указывал на родственную связь: буквально «сын такого-то» или «потомок». В данном случае — «сын Кириси».

Кирися — это уменьшительная форма от крестильного имени Кирилл. Имя греческого происхождения, kyrillos означает «маленький господин» или «господский». В православной традиции один из самых почитаемых покровителей этого имени — Святитель Кирилл, архиепископ Александрийский, живший в V веке и происходивший из знатной и благочестивой семьи. Широкое бытование имени на Руси и позже в украинских землях дало множество производных форм, в том числе Кирися. Именно от такой обиходной формы и пошла фамилия.

Менее вероятная версия связывает основу не с именем, а с прозвищем Кирися. Оно могло восходить к слову «кираса» — металлическому панцирю на грудь и спину, защищавшему от холодного и огнестрельного оружия. В русской армии до 1917 года, как и в западноевропейских армиях, кираса была частью парадной формы гвардейских кавалерийских полков. Если принять эту версию, основатель рода мог быть военным — кирасиром или мастером по изготовлению доспехов. Однако против такого толкования говорит то, что прозвище Кирися от «кираса» встречается редко, а имя Кирилл и его производные — повсеместно, поэтому версия с крестильным именем выглядит убедительнее.

Географически фамилия Кирисенко привязана к центральным и южным областям Украины, где фамилии на -енко особенно часты. В отличие от северных регионов с фамилиями на -ов/-ев, здесь именно -енко служило главным маркером принадлежности к роду. Встречается фамилия и в России, но как результат поздней миграции, а не местного происхождения.