Фамилия Киркенов — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Скорее всего, она образована от прозвища или имени, которое в свою очередь связано с тюркским словом «кырк» (qırq) — «сорок». Это числительное входило в состав многих восточных личных имен и прозвищ, например, Кырк, Кыркбай, Кыркбек. В тюркской традиции «сорок» — магическое число, обозначающее множество, полноту, зрелость. Поэтому прозвище Кырк могли дать человеку крепкому, зрелому или, по другой версии, тому, кто родился, когда отцу было сорок лет.

Суффикс «-ен» в основе встречается реже, чем «-ов» или «-ин». Он может указывать на то, что фамилия складывалась не в центральной России, а на окраинах, где русская фамильная модель накладывалась на местные основы. Встречаются фамилии Киркенов, Киркенев, Киркеновский — все они восходят к одному корню. Возможна и иная версия: основа «киркен» могла быть топонимической, то есть происходить от названия населённого пункта. Например, в Казахстане и Средней Азии есть урочища и речки с названием Киркен (от тюркского «кир» — поле, равнина, и «кен» — широкий, просторный). Тогда предок носителя фамилии мог быть выходцем из такого места.

Фамилия не упоминается в классических дореволюционных списках дворянских и купеческих родов, что говорит о её крестьянском или казачьем происхождении. По данным современных поисковых систем, носители фамилии Киркенов чаще всего встречаются в Оренбургской области, Башкортостане и на юге Урала — как раз в зоне исторического смешения русского, башкирского и казахского населения. Это косвенно подтверждает тюркскую основу фамилии и её позднее оформление (вторая половина XIX — начало XX века), когда крестьянам и казакам массово давали фамилии по прозвищам или месту жительства.

Таким образом, наиболее вероятное объяснение: Киркенов — русифицированная тюркская фамилия, образованная от прозвища Кыркен (сороковой, зрелый) или от названия местности. В любом случае, она указывает на восточные корни предков, скорее всего, из числа уральских или оренбургских казаков, башкир или татар, принявших православие и русскую фамильную форму.