Фамилия Кирпатовский образована от прозвища Кирпатый, и её разбор стоит начать с модели: суффикс -овск-/-евск- указывает на типичную для польской и западнорусской шляхты форму, но в народной среде такие фамилии часто давали по имени или прозвищу основателя рода. Здесь основа — прозвище Кирпатый, а суффикс -ский превратил её в фамилию, отвечающую на вопрос «чей?» — «сын или потомок Кирпатого».

Что касается самого прозвища, есть две основные версии его происхождения. Первая связывает его с ярославским диалектным словом «кирпь» — пучок трепаного льна. В этом случае Кирпатым могли называть трепальщика льна, то есть человека, занятого обработкой волокна. Это профессиональное прозвище, каких в русской ономастике множество.

Вторая версия, более правдоподобная, выводит прозвище из слова «кирпатый» — курносый, с приплюснутым носом. Такие прозвища по внешнему признаку были очень распространены в Древней Руси: достаточно вспомнить фамилии Носов, Губин, Рылов. В говорах слово «кирпа» означало именно короткий, вздёрнутый нос, и прозвище Кирпатый давали человеку с такой приметной чертой лица.

Фамилия Кирпатовский встречается в основном в южных и центральных областях России, а также на Украине — это типичная территория бытования фамилий на -ский, которые часто получали выходцы из духовенства или мелкой шляхты. Однако в данном случае, скорее всего, фамилия просто закрепилась за крестьянином или ремесленником, прозванным Кирпатым, а потомки уже оформили её по «благородной» модели — с суффиксом -ский.