Фамилия Кирсеева — женская форма, а её мужской вариант Кирсеев. В основе фамилии лежит имя или прозвище, и здесь есть неочевидный поворот. Если смотреть на суффикс -ев, он типичен для отчеств, образованных от основ на мягкий согласный или -й. Но корень «Кирс» не сразу бросается в глаза. Чаще всего фамилию выводят из разговорной формы крестильного имени Кирилл — Кирса, Кирс. Сокращение имени до первой части (Кир) и добавление суффикса -с- давало Кирс, а затем — Кирсеев, то есть «сын Кирса». Такой путь обычен: от полных имён отсекали концовку, а остаток оформляли как прозвище.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с диалектным словом «кирса». В некоторых говорах так называли плотную кожу, войлок, или же грубую обувь из неё. Тогда прозвище Кирса мог получить сапожник или кожевник, а его потомки стали Кирсеевыми. Но имя Кирилл было настолько распространено, что антропонимическая версия выглядит убедительнее: в старых переписных книгах можно встретить имена Кирсан, Кирсей, Кирса — все они восходят к Кириллу.

Интересная деталь: фамилия Кирсеев встречается в основном в центральных и южных областях России, особенно в Рязанской и Тамбовской губерниях. Это указывает на локальную очаговость. В отличие от более частых Кирилловых и Кириных, Кирсеевы сохранили именно ту усечённую форму, которая потом закрепилась в документах. По сословному составу носители фамилии были в основном крестьянами и мещанами — в дворянских родословных книгах Кирсеевы почти не фигурируют.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Кирсанов, Кирса, Кирсин — показывает, что суффикс -еев здесь не случаен: он указывает на происхождение от имени с конечным -а (Кирса), которое в родительном падеже давало «Кирсы», а притяжательное прилагательное — «Кирсеев». То есть первоначально это было отчество, а не прозвище по ремеслу.