Фамилия Кирсеевы — это памятник скорее не славянской, а региональной русской культуры, с возможным балтийским следом. Её основа — прозвище или некалендарное имя Кирсей. В русском языке нет слова «кирс» с общеупотребительным значением, поэтому лингвисты предлагают две основные версии происхождения.

Первая, наиболее конкретная, — топонимическая. На северо-востоке европейской России, в Кировской области, протекает река Кирс, приток Вятки. Человека, жившего на её берегах или переселившегося оттуда, земляки могли прозвать Кирсой или Кирсеем — по месту прежнего жительства. Такая модель образования прозвищ распространена в русских говорах. Фамилия Кирсеев, таким образом, могла закрепиться за выходцами именно с Вятки.

Вторая версия выводит прозвище из балтийских языков. Литовский глагол kirsti означает «рубить, вырубать, сечь, ударять». Если это так, то Кирсеем в русских землях могли прозвать человека по занятию: лесоруба, мясника или крестьянина, работавшего топором. Эта гипотеза правдоподобна: на северо-западе и в центре России исторически были зоны контакта с балтскими племенами, и отдельные литовские корни проникали в русскую ономастику.

Фамилия образована по стандартной патронимической модели: суффикс -ев присоединился к основе Кирсей (Кирсей → сын Кирсея → Кирсеев). Ударение, скорее всего, падает на второй слог — Кирсéев, хотя в говорах возможны варианты.

Говорить о точном времени возникновения фамилии сложно. Прозвище Кирсей фиксируется в документах нечасто, и без серьёзных генеалогических изысканий нельзя определить, закрепилась ли фамилия в одной конкретной местности или возникала в разных регионах независимо. Ясно одно: перед нами не книжная, а народная фамилия, рождённая в живой речи — от речки или от ремесла.