Кирсой могли называть человека, жившего изначально на реке Кирс, которая протекает в Кировской области и впадает в Вятку. Таким образом, фамилия Кирсеев может указывать на место жительства основателя рода. Согласно другой гипотезе, это прозвище связано с литовским глаголом kirsti - «рубить; вырубать; срубать; прорубать; жать (хлеба); кусать (змея); ударять; клевать; пересекать». Например, основатель рода Кирсеевых мог быть мясником, лесорубом, крестьянином. Так и прозвище Кирсей закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Кирсеев. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Кирсей, со временем получил фамилию Кирсеев.