Фамилия Кирсеев — из числа тех, что ставят перед исследователем выбор между географией и ремеслом. Первая версия связывает её с рекой Кирс, притоком Вятки в Кировской области. В таком случае основатель рода получил прозвище Кирсой как указание на место жительства — человека, жившего на этой реке. Это типичная модель для фамилий, образованных от названий рек и озёр: суффикс -ев (вариант -ов после мягкого согласного) добавили к прозвищу Кирсей, а оно, в свою очередь, произошло от Кирс с помощью уменьшительного суффикса -ей.

Вторая гипотеза выводит корень за пределы русских земель — к литовскому глаголу kirsti. У него много значений: «рубить», «вырубать», «срубать», «жать хлеба», «кусать (о змее)», «ударять», «клевать», «пересекать». Прозвище Кирсей могло закрепиться за человеком, чьё занятие было связано с одним из этих действий: лесорубом, мясником, крестьянином. Если принять эту версию, фамилия Кирсеев оказывается в ряду «профессиональных» прозвищ, которые со временем стали родовыми именами.

Обе гипотезы правдоподобны, но вторая — слабее. Литовский глагол дал бы основу не «Кирс», а скорее «Кирст» или «Кирс-» с иным суффиксальным оформлением. К тому же география фамилии Кирсеев тяготеет к северо-востоку Европейской России, где река Кирс — реальный, а не гипотетический топоним. Поэтому версия о происхождении от названия реки выглядит надёжнее.

Фамилия образована по стандартной патронимической модели: от прозвища Кирсей (или Кирс) с помощью суффикса -ев. Буквально она означает «сын Кирсея». Встречается она нечасто, и её носители, скорее всего, ведут род из Вятского края.