Фамилия Кирюшенков образована от имени Кирюша — уменьшительной формы церковного имени Кирилл. В переводе с греческого Кирилл означает «маленький господин». Модель фамилии — отчество второго порядка, что хорошо видно при разборе: Кирюшенков — это «сын Кирюшенко», а Кирюшенко, в свою очередь, — «внук Кирюши». Иными словами, в основе лежит цепочка: сначала человека звали просто Кирюша, его сын стал Кирюшенко (с украинским суффиксом -енко, указывающим на происхождение), а внук уже получил фамилию Кирюшенков, добавив русский суффикс -ов.

Суффикс -енко в середине фамилии — редкая деталь. Обычно фамилии с таким элементом закреплялись на юге России и в современной Украине, где -енко было типичным патронимическим суффиксом. Но финальное -ов указывает на то, что носители фамилии позже оказались в среде, где преобладала великорусская модель образования фамилий, — скорее всего, в центральных или северных губерниях. Так что Кирюшенков — гибридная форма, соединившая южнорусскую и северорусскую традиции. Это нередко случалось при миграциях крестьян в XVII–XIX веках, когда фамилия уже сложилась, но попала в другую языковую среду.

Само имя Кирилл было распространено среди духовенства и крестьянства, поэтому однозначно определить сословие первых Кирюшенковых сложно. Встречается фамилия и в старых переписных книгах, но массовых данных по ней немного. Из однокоренных фамилий можно назвать Кирюшин, Кирюхин, Кирьянов — все они восходят к разным формам того же имени, но Кирюшенков выделяется именно двойным суффиксом, что делает словообразовательную модель более сложной и редкой.