Фамилия Кисамеденов — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Если разложить её по частям, сразу бросается в глаза необычная основа «Кисамеден-», которая не похожа на типичное русское имя или прозвище. Суффикс «-ов» указывает на стандартную модель образования русских фамилий как притяжательных прилагательных: «чей?» — Кисамеденов, то есть потомок человека по прозвищу или имени Кисамеден.

Самая правдоподобная версия ведёт к тюркским корням. В тюркских языках (особенно в казахском, татарском, башкирском) распространены сложные имена, состоящие из двух частей. Первая часть «Киса» может восходить к слову «кесе» (маленький, младший) или к имени собственному Киса (уменьшительная форма от некоторых арабских имён). Вторая часть «меден» явно связана с арабским словом «мадина» (город) или с именем Медин (Медина). В сочетании «Кисамеден» могло означать «младший из Медины» или «маленький Медин» — так в тюркской среде могли ласково называть ребёнка или давать имя в честь святого города.

Менее вероятна, но возможна версия от иранского «киса» (сказка, рассказ) и «меден» — тогда прозвище могло относиться к сказителю или рассказчику, но эта гипотеза слабее, так как не объясняет суффикс «-еден» как типичный словообразовательный элемент.

Географически фамилия Кисамеденов, скорее всего, привязана к регионам Поволжья, Урала или Западной Сибири, где исторически жили татары, башкиры или казахи, принимавшие православие и получавшие русские фамилии по отцу. В метрических книгах XIX века такая фамилия могла возникнуть при крещении: священник записывал тюркское имя отца в русской огласовке и добавлял стандартное окончание.

О сословной принадлежности носителей сказать почти нечего — фамилия редкая и не попала в дворянские родословные книги. Скорее всего, предки были государственными или ясачными крестьянами, реже — служилыми людьми из «инородцев». Главное, что отличает эту фамилию от похожих (Кисанов, Меденов) — двусоставная тюркская основа, которая сохранилась без усечения, что редкость для русской фамилии.