Фамилия Кисамединов — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. На первый взгляд она кажется искусственной или книжной, но на деле её корни уходят в тюркские языки, а конкретнее — в арабскую лексику, прошедшую через мусульманскую ономастику Поволжья и Средней Азии.

Основа фамилии — личное имя Кисамедин (варианты: Кисаметдин, Кисамутдин). Это имя — сложное, арабо-персидское по составу. Первая часть «кисам» (араб. قسم — «доля», «часть», «удел»), вторая — «дин» (араб. دين — «вера», «религия»). В сумме имя означает «доля веры» или «часть религии». В мусульманской традиции такие имена давали с надеждой, что ребёнок станет носителем и хранителем веры. Имя Кисаметдин встречается у татар, башкир, реже — у народов Кавказа.

Фамилия образована по продуктивной русской модели: к основе Кисамедин добавлен патронимический суффикс -ов. В результате Кисамединов — буквально «сын Кисамедина». Модель типична для фамилий тюркских народов, живших в составе Российской империи: татар, мишарей, ногайцев. При крещении или при записи в метрические книги имя адаптировали, а фамилию оформляли по-русски.

Особенность фамилии — в её редкости. В базах данных и телефонных справочниках носителей Кисамединовых единицы, и почти все они сосредоточены в Татарстане и соседних регионах (Оренбургская, Челябинская области). Это указывает на локальное бытование: фамилия не получила широкого распространения, осталась привязанной к конкретному роду или нескольким семьям.

Словообразовательно фамилия примечательна тем, что суффикс -ов присоединён к форме имени, уже имеющей окончание -ин. Это нередкий случай в тюрко-русской ономастике: имя Кисаметдин дало Кисаметдинов, а его краткий вариант Кисамедин — Кисамединов. Оба варианта фиксируются в документах, но Кисамединов встречается реже, что делает его ещё более специфичным.

Версия о возможном происхождении от прозвища или профессии (например, от «киса» — кошель, мешок) маловероятна: фонетика и структура слова однозначно указывают на арабо-тюркское имя. Так что предки современных Кисамединовых — скорее всего, люди, носившие имя Кисамедин, возможно, муллы или уважаемые старейшины в татарских или башкирских селениях.