Фамилия Кискинбаев — редкий пример тюркской модели на «-баев», закрепившейся в казахской среде. Основа здесь — личное имя Кискинбай. Оно, в свою очередь, состоит из двух частей: «кискин» (или «кыскын») и «бай». «Бай» в тюркских языках означает «богатый, господин, хозяин», часто использовалось как компонент имён-пожеланий. А вот «кискин» — слово с неоднозначной этимологией. По одной версии, это вариант имени Кыскын, которое связывают с глаголом «кысу» — «давить, сжимать, теснить». В таком случае имя могли дать ребёнку, родившемуся в трудное время или в стеснённых обстоятельствах, как оберег от невзгод. По другой, более правдоподобной версии, «кискин» восходит к казахскому «кыскын» — «сокращённый, урезанный». В переносном смысле имя могло означать «коротышка» или «маленький», то есть быть ласкательным прозвищем для младшего сына.

Суффикс «-баев» указывает на принадлежность к роду или потомству. В казахской ономастике фамилии на «-баев» образуются от имён, оканчивающихся на «бай»: Кискинбай → Кискинбаев — «сын Кискинбая». Такая модель массово закреплялась в советское время, когда казахам в обязательном порядке присваивали русские патронимические окончания. Поэтому фамилия Кискинбаев — это не древняя родовая, а скорее документальная фамилия, возникшая в XX веке на основе личного имени предка.

Географически фамилия распространена в Казахстане, особенно в южных и западных областях, где имя Кискинбай встречается чаще. В России она редка и обычно принадлежит выходцам из казахской среды. Сословной принадлежности у неё нет — среди носителей могли быть и скотоводы, и торговцы, и ремесленники. Единственное, что объединяет всех Кискинбаевых, — это происхождение от человека, которого в своём ауле звали Кискинбаем, то есть «маленьким господином» или «сжатым богачом».