Фамилия Кислогубов — одна из тех, что построена на прозвище, а не на крестильном имени. Её основа — прилагательное «кислый» и существительное «губа». В старину «кислогубым» называли человека с постоянно поджатыми, недовольными губами, брюзгу или плаксу. Прозвище давали по заметной внешней черте — выражению лица, которое говорило о характере больше, чем слова. Такие фамилии на -ов типичны для центральной России и формировались в XV–XVII веках, когда прозвища переходили в официальные родовые имена.

Суффикс -ов указывает на принадлежность: Кислогубов — сын Кислогуба. Модель простая и самая распространённая в русской ономастике: от прозвища на твёрдый согласный. Редкость фамилии в том, что она образована от двух корней, но не сложением через соединительную гласную, а прямым примыканием — «кисло» + «губ». Это говорит о том, что прозвище возникло в живой разговорной речи, а не в книжной среде.

По сословной принадлежности Кислогубовы скорее всего были крестьянами или посадскими людьми. Фамилии с такой яркой, даже уничижительной основой редко встречались у дворян: те предпочитали производные от имён или географических названий. В документах XVIII–XIX веков носители фамилии встречаются в основном в южнорусских и центральных губерниях — Тульской, Рязанской, Курской. Там прозвище «кислогуба» могло закрепиться за конкретным родом и перейти в фамилию без изменений.

Интересно, что фамилия Кислогубов не имеет отношения к кисломолочным продуктам или гастрономии, как может показаться на первый взгляд. В этимологии «кислый» здесь — не вкус, а характер. В словаре русских фамилий Б. Унбегауна такие прозвища на «кисло-» (Кислов, Кисляков) отнесены к группе, описывающей внешность или поведение, а не ремесло. Так что предок современного Кислогубова был не поваром, а скорее человеком с вечно недовольным лицом — и это запомнили соседи настолько, что прозвище пережило века.