Фамилия Китункина образована от прозвища или мирского имени, которое звучало как Китунка. В основе лежит корень «кит» — не обязательно связанный с морским животным. В русских говорах, особенно на севере и в Сибири, «кит» или «кита» могло означать «пучок», «связка», «моток» (отсюда «китина» — стебель, веревка). Человека по прозвищу Китунка могли так назвать за привычку носить что-то связками, за занятие плетением или за внешность — худой и долговязый, как стебель.

Фамилия оформилась по типичной русской модели: к основе Китунк- добавили суффикс -ин, который указывает на принадлежность. Китункина буквально означает «дочь (или жена) Китунки». Женская форма фамилии закрепилась в документах, когда фамилию передавали по матери или когда носительницей была женщина. Мужской вариант — Китункин.

Фамилия редкая и локальная. По данным открытых источников, Китункины встречаются преимущественно в Поволжье, особенно в Самарской области и в Татарстане. Это наводит на мысль, что прозвище могло возникнуть в среде крестьян-старообрядцев или в смешанной русско-татарской среде, где слово «кит» могло получить иное звучание. Например, в тюркских языках «кит» — «кит» (животное), но такое заимствование маловероятно для прозвища простого человека.

Словообразовательный суффикс -унк- (Кит-унк-а) — редкий и выразительный. Он придаёт прозвищу оттенок ласкательности или уменьшительности, как в словах «топтун», «говорун». Китунка — не просто «тот, кто связан с китом», а скорее «маленький кит» или «китёнок», что могло быть домашним, шутливым именем.

Таким образом, предки носительницы фамилии — скорее всего, крестьяне или ремесленники из центральной России или Поволжья, получившие прозвище по роду занятий (плетение, вязание) или по внешней примете. Фамилия не дворянская, не купеческая — бытовая, народная, сохранившая редкий суффикс.