Фамилия Китункин — редкий пример, где суффикс -ин указывает на принадлежность, а основа почти наверняка восходит к прозвищу, а не к крестильному имени. В русских фамилиях на -ин чаще всего лежат имена или прозвища на -а/-я (Кузьмин, Ильин), но здесь основа «Китунк» явно нестандартна. Скорее всего, это вариант прозвища Китун или Китуня, которое могли дать человеку за какую-то особенность — возможно, за манеру говорить, за медлительность или за сходство с китом (в переносном смысле «большой, неповоротливый»). В северных и сибирских говорах слово «кит» иногда употребляли иронично, а суффикс -ун(я) типичен для прозвищ, образованных от глаголов (говорун, ворчун) или от существительных (китун — «похожий на кита»).

Словообразовательная цепочка выглядит так: прозвище Китун → притяжательное прилагательное Китункин («чей?» — «сын Китуна»). Форма на -кин, а не на -ов, указывает на то, что основа оканчивалась на согласный, но не на твёрдый (в отличие от Иванов). Это типично для прозвищ с суффиксом -ун, которые в родительном падеже дают Китунка — отсюда и фамилия Китункин.

Географически фамилия встречается крайне редко, единичные носители зафиксированы в центральных областях России и на Урале. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» подобные модели разбираются, но сам корень «кит» в фамилиях он относит к числу редких, чаще встречающихся в виде Киткин или Китов. Версия о связи с тюркским словом «кит» (в значении «книга» или «свидетельство») маловероятна — для русской ономастики южных и восточных регионов такие заимствования возможны, но суффикс -ункин нехарактерен для тюркских моделей.

Таким образом, предок носителя фамилии Китункин был, вероятно, человеком с прозвищем Китун — либо из-за внешности, либо из-за характера. Фамилия не имеет отношения к знатным родам или дворянству: она из разряда «простых» патронимических прозвищ, которые закрепились в крестьянской или мещанской среде не позднее XVII–XVIII веков.