Фамилия Китунин — редкий случай, когда суффикс -ин указывает не на отчество от имени или профессии, а на прозвище, образованное от названия животного. Основа «китун» — это старая, диалектная форма слова «кит». В русских говорах, особенно в северных и сибирских областях, «китун» или «китина» могли называть крупную рыбу, например, белугу или сома, а иногда и самого кита — в народной речи слово искажалось, обрастало суффиксами.

Прозвище Китун, скорее всего, давали человеку крупного телосложения, медлительного или, напротив, того, кто промышлял морским зверем. В поморских семьях, где охота на кита и тюленя была делом жизни, такие прозвища были не редкостью. Другая, менее вероятная версия, связывает фамилию с тюркским «кит» — «задняя часть», но для русского уха это звучит натянуто и не подтверждается географией фамилии.

Суффикс -ин в фамилии Китунин — классический патронимический, но не от крестильного имени, а от прозвища отца. То есть Китунин буквально означает «сын Китуна». В отличие от фамилий на -ов, которые чаще образовывались от названий профессий и животных мужского рода (Котов, Волков), -ин легко присоединялся к основам на -а, -я, но здесь мы видим редкое исключение: основа «китун» закончилась на твёрдый согласный, но фамилия всё равно пошла по модели с -ин, а не с -ов. Это указывает на то, что прозвище могло быть женского рода («Китуня») или на влияние местного говора, где окончания смешивались.

Фамилия встречается крайне редко, в основном в Архангельской области и на Кольском полуострове — в тех краях, где поморы веками добывали китов и тюленей. Встречаются единичные носители в Сибири, куда переселенцы из Поморья уходили за пушниной и рыбой. Сословно предки Китуниных, скорее всего, были государственными крестьянами или мещанами, но из-за редкости фамилии точных данных по переписям нет.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями — Китов, Китаев, Китовкин, — то Китунин стоит особняком. Он не такой «книжный», как Китов (от слова «кит» в литературном языке), а более народный, диалектный. Это как раз тот случай, когда фамилия хранит не просто профессию, а живую речь предков, их говор и быт.