Фамилия Катунин образована от прозвища Катун. Скорее всего, в его основе лежит глагол «катать». Вероятно, Катуном называли ямщика, извозчика или просто любителя быстрой езды. В старину этот глагол имел также значение «жить без оглядки, гулять, кутить». В таком случае прозвище Катун мог получить гуляка, повеса, бездельник, праздный человек. Менее вероятной представляется этимологическая связь прозвища с арабским словом katuna, которое переводится на русский язык как «невольница». Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Катун, со временем получил фамилию Катунин.