Фамилия Китунькина — женская форма, а мужская, соответственно, Китунькин. Это редкая фамилия, и её происхождение напрямую связано с прозвищем, которое, скорее всего, имело описательный или ироничный характер.

В основе фамилии лежит слово «китунька». Скорее всего, это уменьшительно-ласкательная форма от «кит». В русских говорах «китом» могли называть не только морское животное, но и крупного, сильного человека, либо, напротив, неповоротливого и медлительного. Суффикс -унк- (как в «китунька») в прозвищах часто придавал оттенок фамильярности или уменьшительности, так что прозвище Китунька могло означать «маленький кит» — возможно, так дразнили полного ребёнка или невысокого, но крепкого мужчину.

Модель образования типична для русских фамилий: основа (прозвище Китунька) плюс притяжательный суффикс -ин, который отвечает на вопрос «чей?». Таким образом, Китунькин — это «сын Китуньки» или «человек из рода Китунькиных». Фамилия не имеет «дворянского» суффикса -ский, что указывает на её происхождение в крестьянской или мещанской среде, где прозвища передавались по наследству без изменений.

Географически фамилия крайне редкая. Её можно встретить в центральных и северных областях России, где были распространены прозвища, образованные от названий животных или рыб. В ономастических словарях эта фамилия не фиксируется как распространённая, что делает её уникальной для генеалогического поиска: предки носителя фамилии, вероятно, жили в одной местности и не участвовали в массовых переселениях.

Если рассматривать альтернативную версию, можно предположить связь с диалектным словом «кит» (как «плеть» или «кнут»), но она менее вероятна, так как суффикс -унька в этом случае звучал бы неестественно. Поэтому версия с «китом» остаётся основной. Искать предков Китунькиных стоит в архивах тех губерний, где фамилия встречается в метрических книгах XIX века, — это даст точное понимание, из какого села или города пошёл этот род.