Фамилия Киушкин образована по типичной русской модели с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — «сын Киушки». В основе лежит личное имя или прозвище Киушка. Самая убедительная версия связывает его с мордовским (эрзянским) словом «киуз», что значит «метель». Вероятно, так называли ребёнка, родившегося в сильную метель — по обстоятельствам рождения, что было распространённой практикой у многих народов.

Мордовское происхождение фамилии подтверждается и географией. В Книге памяти Республики Мордовия есть запись о Киушкине Тимофее Федоровиче, родившемся в 1894 году в селе Пянгелей Чамзинского района — это историческая территория расселения эрзи. Поэтому фамилия плотно привязана к Поволжью, и именно там стоит искать её корни, а не в великорусских говорах.

Менее вероятно, но не исключено, что Киушка могло быть производной формой от крестильного имени Кирилл (через народные варианты вроде Кирюшка или Кирша). Однако в таком случае в записях чаще встречалась бы фамилия Кирушкин. Фонетика «Киуш-» явно тяготеет к финно-угорской основе, так что «метельная» версия остаётся основной.

Суффикс -ин типичен для фамилий, образованных от слов на -а/-я. Такая модель в XVI–XVII веках была особенно распространена в северных и поволжских землях. Сама фамилия редкая: она не входит в сотни самых частых русских фамилий и сохраняет яркий региональный колорит. Носители фамилии Киушкин сегодня встречаются в основном в Мордовии, Нижегородской и Ульяновской областях — там, где исторически жили эрзяне.