Фамилия Кизякин — редкий случай, когда основа, скорее всего, восходит не к личному имени или профессии, а к слову с бытовым, даже несколько сниженным значением. В основе лежит слово «кизяк» — прессованный навоз, который на юге России, в Украине и в Средней Азии использовали как топливо. Прозвище Кизяк могли дать человеку, который занимался заготовкой или продажей этого топлива, либо, в переносном смысле, неопрятному, грязному человеку. Впрочем, в ряде говоров «кизяком» называли и просто упрямого или грубого человека — такое прозвище могло закрепиться за обладателем крутого нрава.

Словообразовательная модель проста и прозрачна: суффикс -ин указывает на принадлежность. Кизякин — «сын Кизяка» или «человек из семьи Кизяка». По происхождению это типичная русская фамилия, хотя географически она тяготеет к южным регионам: к Ростовской, Волгоградской областям, Краснодарскому краю, а также к Украине. Встречается она нечасто, что характерно для фамилий, образованных от неканонических прозвищ с яркой, но узко-бытовой семантикой.

Интересно, что, в отличие от фамилий на -ов, которые могли принадлежать и дворянам, и крестьянам, Кизякин почти наверняка крестьянская фамилия. Она не встречается в старых боярских списках или родословных книгах, а фиксируется в основном в документах XIX — начала XX века, чаще всего у однодворцев и государственных крестьян южных губерний. Это не делает её «хуже» — напротив, она даёт точную привязку к определённому социальному слою и региону.

Есть и альтернативная, менее вероятная версия: связь с тюркским словом «кызык» (интересный, забавный) или «кыз» (девушка). Но для фамилии Кизякин она звучит натянуто: фонетически форма «Кизякин» точнее ложится на славянское «кизяк», чем на тюркские корни, которые обычно давали бы варианты вроде Кызыков или Кызыкин. Так что основная версия — прозвище по роду занятий или характеру, записанное в русской патронимической форме.