Фамилия Кизякина — женская форма, мужской вариант — Кизякин. В основе фамилии лежит прозвище или мирское имя Кизяка, которое в русских говорах имело прямое и переносное значения.

Прямое значение слова «кизяк» — высушенный навоз, который использовали как топливо в степных и южных регионах. Прозвище Кизяка могли дать человеку, который занимался заготовкой или продажей такого топлива. Однако у слова было и переносное, уничижительное значение: так могли назвать нечистоплотного или нерадивого человека. Фамилия образована по типичной русской модели с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Кизякин, то есть сын или потомок Кизяки.

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с тюркскими корнями. В тюркских языках есть слово «кызык» (интересный, забавный) или «кыз» (девушка). В этом случае Кизяка могло быть прозвищем, данным по внешности или поведению. Но учитывая широкую распространённость слова «кизяк» в южнорусских говорах, версия с топливом выглядит более правдоподобной.

Фамилия Кизякина встречается преимущественно в южных и центральных областях России — в Рязанской, Тамбовской, Воронежской областях, где традиция использования кизяка была особенно распространена. Это фамилия крестьянского происхождения: предки носителей фамилии, скорее всего, были земледельцами или ремесленниками, связанными с бытовым обиходом деревни.