Фамилия Кизьякова — женская форма от Кизьяков, а та, в свою очередь, образована от прозвища или имени Кизьяк. В основе лежит тюркское слово «киз» (девушка, дочь) с добавлением уменьшительного суффикса «-як». На первый взгляд, «Кизьяк» можно перевести как «девчонка» или «дочурка». Однако в тюркской антропонимике такие имена нередко давали с обережной целью: чтобы злые духи не позарились на мальчика, его могли назвать «девочкой», или же имя указывало на то, что ребёнок родился в семье, где долго не было сыновей.

Словообразовательная модель фамилии типична для русских фамилий, возникших на тюркской почве. Суффикс «-ов» (в женском роде «-ова») указывает на принадлежность: Кизьяков — сын Кизьяка. Такие фамилии массово появлялись в XVI–XVII веках у служилых людей, казаков и крестьян южных и восточных окраин России, где был активен контакт с тюркскими народами.

Географически фамилия Кизьякова встречается в основном на Урале, в Зауралье и в Сибири. Заметный след оставили уральские казаки: в Оренбургском казачьем войске фамилия фиксируется с XVIII века. Это косвенно подтверждает версию о прозвищном происхождении — казаки часто получали прозвища в быту, которые затем закреплялись как фамилии.

Существует менее вероятная версия, связывающая фамилию с топонимом (например, речка Кизьяк в Башкортостане). Но скорее всего, название реки произошло от того же тюркского корня, а не наоборот. Прямой связи с русским словом «кизяк» (высушенный навоз как топливо) нет — это омонимия, возникшая случайно.

Значение фамилии для современного носителя — указание на то, что предок жил в зоне смешения русской и тюркской культур, вероятно, на границе степей, и носил прозвище, которое для нас сегодня звучит необычно, а для его времени было понятным и бытовым.