Фамилия Кизьяков — одна из тех, где за простым звучанием скрывается неочевидная этимология. В ней нет привычного всем суффикса -ов, который присоединяют к основе на согласный. Здесь мы видим суффикс -яков, а это сразу указывает на то, что в основе лежало имя или прозвище, оканчивающееся на -як. Таким образом, фамилия образована от прозвища Кизяк: Кизяк + -ов (через форму Кизяков, где -як- — часть основы, а -ов — патронимический суффикс). В просторечии написание могло упроститься до Кизьяков.

Самая прямая и правдоподобная версия связывает основу со словом «кизяк» — прессованный навоз, который на юге России и в Средней Азии использовали как топливо. Прозвище Кизяк могли дать человеку, который занимался заготовкой или продажей этого топлива, либо жил в местности, где кизяк был основным источником тепла. Это ремесленное прозвище, типичное для крестьянских фамилий, возникших по роду занятий. В пользу этой версии говорит и география: фамилия Кизьяков встречается в Поволжье, на Урале и в Сибири — регионах, где степное скотоводство делало кизяк привычным материалом. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» подобные образования от названий топлива и ремесленных продуктов описаны как характерные для южнорусского ареала.

Менее вероятна, но не исключена версия от тюркского имени Кизяк или Кизяк-бей. В тюркских языках корень «кыз» означает «девушка», а «кызяк» могло быть уменьшительной формой имени вроде Кыз-Як (девушка-луна) или относиться к родовому прозвищу. Однако в русской ономастике такие прямые заимствования встречаются реже, чем бытовые прозвища, и обычно оставляют след в виде фамилий на -ев (Кизякев), а не на -ов. Поэтому версия с кизяком-топливом выглядит убедительнее.

В архивных записях фамилия встречается с XVII века. Например, в переписных книгах Казанского уезда 1646 года упоминается крестьянин Ивашко Кизяк, что подтверждает древность прозвища. Социальный контекст — почти исключительно крестьянская среда, без дворянских корней. Фамилия не получила широкого распространения и остаётся относительно редкой, что типично для прозвищ, привязанных к конкретному ремеслу или местности.