Фамилия Клемушин — редкий образец русской фамилии, образованной не от имени, а от прозвища, связанного с ремеслом или бытовой характеристикой. В её основе лежит слово «клемуша» — так в некоторых говорах называли клещи, кузнечный инструмент, или, реже, неловкого, неуклюжего человека, который «всё клемит» (сжимает, мнёт). Вероятнее всего, прозвище Клемуша получил кузнец или мастеровой, работа которого требовала постоянного использования клещей, — и это прямая отсылка к профессии, которая в крестьянской среде была уважаемой и заметной.

Суффикс -ин указывает на принадлежность по отцу: Клемушин буквально значит «сын Клемуши». В русской ономастике модель на -ин традиционно закреплялась за основами, оканчивающимися на -а или -я, что здесь соблюдено. В отличие от более частотных фамилий на -ов, форма с -ин встречается реже, но в северных и центральных губерниях её доля выше.

Спорный момент — возможная связь с каноническим именем Клемент (в просторечии Клементий). Если бы фамилия пошла от него, мы бы ожидали форму Клементьев или Клементов. Клемуша могло быть уменьшительным от Клементия, но тогда ударение и суффикс дают иной ряд: Клемушин — звучит как вариант от прозвищного, а не от полного имени. Словарь русских фамилий Б. Унбегауна не фиксирует Клемушин как типичный патроним от Клементия, что поддерживает версию о ремесленном корне.

Географически фамилия тяготеет к Поволжью и Уралу, где кузнечное дело было развито особенно сильно. Встречается она и в старообрядческих сёлах — у староверов прозвища нередко закреплялись как фамилии раньше, чем у остального населения, из-за неприятия официальной церковной записи.

Сегодня Клемушин — фамилия малочисленная, её носители живут в основном в Нижегородской, Кировской областях и Пермском крае. Среди них нет широко известных исторических личностей, но сама фамилия сохраняет память о том, что предок её был человеком дела — кузнецом, умельцем, чьи клещи были его главным орудием.