Фамилия Климушин образована от просторечной формы крестильного имени Климентий. В основе лежит ласковое прозвище Климуша — так в быту называли мальчика или мужчину, носившего полное церковное имя. Само имя Климентий имеет греческие корни и переводится двояко: как «милостивый» и как «виноградная лоза». Оба значения уходят в античную и раннехристианскую традицию.

Покровителем имени считается священномученик Климент, епископ Анкирский. По житию, он двадцать восемь лет терпел истязания за веру и был обезглавлен во время богослужения в 312 году. Эта фигура, хоть и не определяет напрямую судьбу носителей фамилии, показывает, что имя было широко почитаемо в православной среде, а значит, и фамилия на его основе встречалась нередко.

Словообразовательная модель типична для русских фамилий: суффикс -ин указывает на принадлежность. Климушин буквально означает «сын или потомок Климуши». Такая модель (основа на -а, -я плюс -ин) характерна для северных и центральных областей России, где прозвищные имена на -уша были особенно распространены.

Интересно, что у фамилии есть однокоренные варианты: Климушев, Климашев, Климухин. Все они восходят к разным уменьшительным формам того же имени Климентий. Различие в суффиксах (-ев, -ин) объясняется местными говорами и тем, как звучало прозвище в конкретной семье. Климушин — одна из самых естественных форм, без дополнительных наращений, поэтому и сохранилась в таком виде.

Встречается фамилия преимущественно в русской среде, но не привязана к одному региону — её носители рассеяны от центральных областей до Урала и Сибири. Сословных перегородок у фамилии не было: её могли носить и крестьяне, и мещане, и духовенство, поскольку имя Климентий было распространено во всех слоях общества.