Фамилия Климушины — одна из тех, что образованы от уменьшительной формы имени, а не от полного церковного варианта. Основа здесь — Климуша, ласковое обращение к человеку по имени Климентий. Имя это древнее, греческого происхождения: его связывают либо со значением «милостивый», либо с «виноградной лозой». В русском быту Климентий превращался во множество коротких форм — Клим, Климуха, Климуша, и каждая из них дала начало самостоятельным фамилиям.

Модель образования типична для восточнославянских фамилий: суффикс -ин указывает на принадлежность, отвечая на вопрос «чей?». Климушин — значит «сын Климуши» или «человек из дома Климуши». Такой способ был особенно распространён в северных и центральных областях России, где фамилии на -ин встречаются чаще, чем на юге. Поэтому можно предположить, что корни рода Климушиных — где-то в северных или среднерусских землях, хотя точное место не установлено.

В церковной традиции имя Климентий связано со священномучеником Климентом Анкирским, который, по преданию, двадцать восемь лет претерпевал гонения за веру и был казнён в 312 году. Однако фамилия Климушины, скорее всего, никакой прямой связи с этим сюжетом не имеет — имя просто было популярным на Руси, и его носители никак не соотносили себя с житием святого.

Интересно, что фамилия Климушины стоит в ряду таких же образований от кратких имён: Климович, Климкин, Климцов, Клименко. Но форма на -ин, в отличие от патронимических суффиксов -ович или -енко, указывает на более древний пласт — на время, когда фамилии только закреплялись и часто фиксировали прозвище или домашнее имя отца. В этом смысле Климушины — фамилия архаичная, сохранившая следы живого, разговорного языка.

Точную дату возникновения назвать невозможно: процесс шёл несколько столетий, и в разных семьях фамилия могла оформиться в разное время. Ясно одно: за фамилией Климушины стоит не абстрактный святой, а конкретный человек по имени Климуша — возможно, крестьянин, ремесленник или служилый человек, чьё уменьшительное имя закрепилось за его потомками.