Фамилия Климушев образована от народной формы крестильного имени Климент. В переводе с греческого это имя означает «милостивый», хотя существует и вторая версия — «виноградная лоза». В основу фамилии легла производная, уменьшительно-ласкательная форма — Климуша. Так на Руси называли Клементов в быту, в кругу семьи и близких. Суффикс -ев в конце фамилии указывает на принадлежность: Климушев буквально значит «сын Климуши» или «потомок Климуши».

Само имя Климент пришло на Русь вместе с христианством. Его носил один из первых римских пап, святой Климент I, почитаемый и в православной, и в католической традиции. Однако в народе имя быстро обросло обиходными вариантами: Клим, Климка, Климуха, Климуша. Именно форма Климуша, с характерным для русской ономастики суффиксом -уш-, стала основой для фамилии. Подобные модели очень распространены: от Петруша — Петрушев, от Якуша — Якушев.

Словообразовательная модель здесь проста и прозрачна: основа Климуш- плюс суффикс -ев. Важно, что суффикс -ев, а не -ов, стоит после мягкого согласного «ш» — это стандартное правило русской орфографии при образовании притяжательных прилагательных. Фамилия не имеет географической привязки к конкретной местности и встречается в разных регионах России, что говорит о её происхождении от личного имени, а не от названия местности или ремесла.

В ономастических трудах, например в работах Б. Унбегауна, такие фамилии относят к «полуотчествам» — они закрепились в крестьянской и мещанской среде, где полное имя с отчеством использовали реже, а в ходу были домашние прозвания. Таким образом, Климушевы — это потомки человека, которого в обиходе звали ласково Климуша, и фамилия донесла до нас эту повседневную, тёплую форму имени.