Фамилия Климушова — женская форма фамилии Климушов, а та, в свою очередь, образована от мужского имени или прозвища Климуш. В основе лежит народная, уменьшительно-ласкательная форма канонического крестильного имени Клим (церковная форма — Климент). Суффикс -уш- в русской антропонимии характерен для домашних, обиходных вариантов имён: Клим → Климуш, аналогично Петруша от Пётр, Саввуш от Савва. Так называли ребёнка или взрослого в кругу семьи, а позже это прозвище закрепилось за его потомками.

Модель образования фамилии типична для русского Севера и некоторых областей Поволжья: сначала появилось прозвище Климуш, а затем, с помощью патронимического суффикса -ов, возникла фамилия Климушов. Разговорная форма имени Клим была особенно ходовой среди крестьян и посадских людей — полное имя Климент считалось более книжным. Поэтому носители фамилии Климушовы, скорее всего, происходят из простонародной среды, где имя Клим было одним из самых распространённых.

Есть и другая, менее вероятная версия: прозвище Климуш могло произойти не от имени, а от диалектного глагола «климушить» — так в некоторых говорах называли человека, который клянчит, канючит или пристаёт с просьбами. Однако эта гипотеза спорная: глагол редкий и локальный, а имя Клим было настолько популярным, что объяснение через крестильное имя остаётся основным.

Фамилия Климушова — сравнительно редкая. Её можно встретить в Вологодской, Архангельской областях, а также в Пермском крае — то есть в зоне традиционного бытования фамилий на -ов от прозвищ с уменьшительными суффиксами. В документах XIX века Климушовы числились в основном среди государственных крестьян и мещан.

Женская форма Климушова фиксируется в метрических книгах преимущественно как фамилия по мужу или отцу. В современной России она встречается нечасто, но сохраняет живую связь с древним русским именословом, где ласковое Климуш звучало так же естественно, как сегодня — Климка или Климочка.