Фамилия Климушева образована от мужского крестильного имени Климент. В переводе с греческого это имя означает «милостивый», хотя существует и другая версия — «виноградная лоза». В основу фамилии легла производная, обиходная форма имени — Климуша. Такие усечённые формы с суффиксом -уш- были типичны для простонародной среды: они звучали ласково и сокращали длинное церковное имя до удобного в быту варианта.

Фамилия построена по стандартной для русских фамилий модели: к основе Климуш- прибавился суффикс -ев, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Климуши). Этот суффикс, а не -ов, появился из-за того, что основа оканчивается на мягкий согласный «ш»: в таких случаях по правилам русской орфографии пишется -ев. Именно поэтому мы видим Климушев, а не Климушов.

Скорее всего, основатель рода Климушевых был выходцем из рабочей или крестьянской среды. В документах XVII–XVIII веков имя Климуша и фамилии от него встречаются в северных и центральных губерниях России — в Вологодской, Архангельской, Костромской. Там крестьянские семьи часто записывали по отцу, и форма Климушев закрепилась как наследственное прозвище рода.

Таким образом, потомок человека по имени Климуша со временем получил фамилию Климушев. Стоит отметить, что однокоренные фамилии — Климов, Клементьев, Климович — образованы от других вариантов того же имени (Клим, Клементий, Климко), а Климушев выделяется именно редким уменьшительным суффиксом, что делает её более локальной и характерной для определённых говоров.