Фамилия Климушина образована от имени Климуша — ласковой, просторечной формы канонического имени Климентий. В переводе с греческого это имя означает «милостивый» или «виноградная лоза». Словообразовательная модель проста и типична для русских фамилий: к основе Климуш- добавили суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — сын или дочь Климуши). Такая модель массово закрепилась в XVI–XVII веках в центральных и северных областях России, где фамилии на -ин так же распространены, как на -ов.

Покровителем имени считается священномученик Климент, епископ Анкирский. По преданию, он двадцать восемь лет терпел мучения за веру Христову и был обезглавлен во время богослужения в 312 году. В народной среде имя Климентий часто сокращали и переделывали: Климуша — один из таких усечённых вариантов, наряду с Климом, Климкой и Климоном. Соответственно, фамилия Климушина дословно значит «потомок Климуши» или «принадлежащая к роду Климуши».

Интересна география бытования этой фамилии. Встречается она не повсеместно, а преимущественно в областях, где были сильны традиции просторечных форм имён: в Вологодской, Архангельской, Костромской и Нижегородской губерниях. В этих краях имя Климентий через обиходную форму Климуша дало жизнь не только фамилии Климушин/Климушина, но и однокоренным Климушкин, Климшин, Климашев. Если сравнивать, то фамилия Климушина звучит архаичнее, чем, скажем, Климов, и несёт оттенок деревенского, патриархального уклада, где ласкательные имена были нормой общения.

В большинстве случаев носительница фамилии Климушина — это потомок крестьянина или посадского человека, которого в быту звали ласково Климушей, а не строгим полным именем. Прямой связи с дворянскими родами или знатным сословием у этой фамилии нет, что типично для фамилий на -ин от уменьшительных форм.