Фамилия Климушкины — одна из тех, где на поверхности лежит ласкательное имя. В её основе — Климушка, уменьшительно-просторечная форма крестильного имени Климентий. С греческого это имя переводят как «милостивый» или «виноградная лоза». Покровителем считается священномученик Климентий, епископ Анкирский, который, по преданию, двадцать восемь лет терпел мучения за веру и был обезглавлен во время богослужения в 312 году.

Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе на -а (Климушк-) добавили суффикс принадлежности -ин, который присоединяли к прозвищам и именам, оканчивающимся на гласный. Климушкин буквально значило «чей?» — сын, внук или потомок Климушки. В бытовой речи фамилию закрепили за целым родом во множественном числе: Климушкины.

Интересно, что форма Климушка — не единственный вариант народного переосмысления церковного Климентия. В разных говорах встречались Климка, Климша, Климоня. Но именно Климушка, с суффиксом -ушк-, несёт отчётливый оттенок ласки и принадлежности к простонародной среде. В XIX веке такая форма чаще встречалась в крестьянской и мещанской среде центральных и северных губерний России, где любили «увеличительные» и «уменьшительные» суффиксы в бытовых именах.

Точное место и время возникновения фамилии Климушкины сейчас установить сложно — процесс формирования русских фамилий растянулся на несколько столетий, с XVI по XIX век. Однако можно уверенно сказать, что фамилия эта не книжная, не семинарская, а живая, бытовая: её дали не в канцелярии, а в деревенском обиходе, когда человека называли по отцу — «Климушкин сын».