Фамилия Кликушины образована от прозвища или мирского имени Кликуша. В старину кликушами называли женщин, подверженных истеричным припадкам, во время которых они издавали неистовые крики. Такое поведение объясняли вселением беса или действием порчи — это явление известно с XI века, а первые прямые упоминания о кликушах встречаются в документах с 1606 года. Пик кликушества пришелся на XVII–XVIII века, когда после церковного раскола усилились суеверия.

Как мирское имя Кликуша могло попасть в род? В крестьянской среде существовала традиция давать детям «обманные» или охранительные имена. Считалось, что если назвать ребенка неблагозвучным именем (например, Кликуша, Некрас, Дурак), злые духи не позарятся на него и не нашлют болезнь. Так что, вопреки современному значению, имя могло нести защитную функцию — родители надеялись, что ребенок вырастет здоровым, несмотря на «страшное» прозвище.

Фамилия образована по продуктивной русской модели с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: Кликушин буквально означает «сын Кликуши» или «из семьи Кликуши». Суффикс -ин характерен для фамилий, образованных от основ на -а/-я, в отличие от -ов/-ев для основ на согласный. Эта модель преобладает в северных и центральных губерниях России, что может указывать на возможный регион происхождения фамилии.

О точном месте и времени появления фамилии Кликушины говорить сложно. Процесс закрепления фамилий шел несколько столетий, и окончательно они оформились у крестьян лишь к XIX веку. Однако прозвище Кликуша могло возникнуть задолго до этого — в среде, где были сильны суеверия и народные поверья о порче. В любом случае, фамилия сохранила память о давно ушедших представлениях и народной традиции имянаречения.