Фамилия Кликушин образована от мирского имени Кликуша. В основе этого имени лежит прозвище, которое в старину давали с совершенно определенным значением: так называли женщин, подверженных истеричным припадкам с неистовыми криками. Поведение кликуш в древности объясняли вселением беса или действием порчи, и явление это было широко известно. Первое письменное сообщение о кликушах датируется 1606 годом, хотя сведения о бесноватых встречаются в русских источниках с XI века, а особенно часто — в XVI столетии. Апогей кликушества пришелся на XVII–XVIII века, когда после церковного раскола и реформ патриарха Никона суеверия резко усилились.

Парадокс фамилии в том, что родители, называя сына Кликушей, вряд ли желали ему болезни. В крестьянской среде бытовала практика давать «обманные» имена, чтобы отвести от ребенка злые силы. Считалось: назовешь дитя так, будто оно уже отмечено недугом, — настоящая хворь обойдет его стороной. Поэтому мирское имя Кликуша, при всей своей негативной окраске, выполняло роль оберега.

Суффикс -ин указывает на типичную модель русских фамилий, образованных от основ на -а/-я: Кликушин буквально означает «сын Кликуши». Фамилия довольно редкая, и её география неширока. Встречается она преимущественно в центральных и северных областях России, где традиция охранительных имен была особенно сильна. Среди однокоренных фамилий можно назвать Кликунов — от варианта Кликун, но Кликушин сохранил более архаичную основу, прямо отсылающую к прозвищу, а не к глаголу «кликать».