Фамилия Кликушева образована от прозвища или нецерковного имени Кликуша. Основа здесь — глагол «кликать» в значении «кричать, звать, громко плакать». Суффикс -уш- в русских прозвищах часто придавал оттенок активного действия или характерного признака: кликуша — тот, кто постоянно кличет, кричит, возможно, громко причитает или завывает. В народной среде слово «кликуша» имело и более узкое значение — так называли человека, страдающего истерическими припадками с выкриками, или того, кто в церкви во время службы «кликал» (громко молился, пророчествовал). Второе значение — «клеветник, доносчик», от «кликать» в смысле «звать на кого-то, обвинять вслух». Какая из этих версий первична для фамилии, сказать трудно: прозвище могли дать и за громкий голос, и за манеру поведения.

Суффикс -ев указывает на принадлежность: Кликушев — сын или потомок Кликуши. Форма Кликушева — женская или родительная падежная форма, закрепившаяся в документах. Фамилия редкая, не относится к числу распространённых дворянских — скорее всего, она крестьянская или мещанская по происхождению. Встречается преимущественно в центральных и северных областях России, где сохранились архаичные говоры с глаголом «кликать». Интересно, что в некоторых диалектах «кликуша» означало ещё и «крикливый ребёнок» или «петух» — это могло стать безобидным домашним прозвищем, которое потом закрепилось как фамилия.

Поскольку фамилия образована от прозвища с яркой эмоциональной окраской, её носители в прошлом, скорее всего, происходили из среды, где внешние признаки или поведение человека служили основой для именования. Никаких данных о знатных родах Кликушевых в исторических источниках нет — это фамилия простых людей, возможно, крестьян или посадских. В написании фамилии возможны варианты с одной «с» (Кликушева) — в старых метрических книгах встречается и Кликушова, но современная орфография закрепила форму с «е» после шипящего.