Фамилия Клипилина — женская форма фамилии Клипилин, а та, в свою очередь, образована от прозвища или нецерковного имени Клипила. Самое интересное здесь — это суффикс, который выбивается из стандартной модели. В русских фамилиях на -ин обычно застывает притяжательное значение: «чей?» — Клипилин, то есть сын или потомок Клипилы. Но основа Клипил- встречается крайне редко, и её происхождение неочевидно.

Вероятнее всего, в основе лежит глагол «клипать», который в диалектах (особенно северных и сибирских) означал «хромать», «прихрамывать», а также «шататься», «слоняться без дела». Человек с прозвищем Клипила — тот, кто припадает на ногу, или, в переносном смысле, нерадивый, медлительный работник. Такие прозвища на -ила (как Губила, Крутила, Воротила) были активны в XV–XVII веках и нередко становились фамилиями без дополнительных суффиксов, но здесь к ним добавился патронимический -ин.

Менее вероятная, но допустимая версия — связь с диалектным «клип» или «клипа» в значении «зажим», «скоба» или «петля». Тогда Клипилой могли прозвать мастера, который делал такие скобы — кузнеца или плотника. Однако глагольное происхождение встречается в русской ономастике чаще, чем предметное, поэтому версия с «хромотой» или «шатанием» выглядит первичной.

Фамилия Клипилин — редкая, её географическое ядро, судя по разрозненным данным, тяготеет к Вологодской области и прилегающим территориям Русского Севера. Именно там диалектный глагол «клипать» был в ходу, и именно там активно работала модель образования прозвищ на -ила. В центральных и южных областях России эта фамилия почти не встречается.

Если ваш предок носил фамилию Клипилин, он, скорее всего, происходил из крестьянской или посадской среды северных губерний. Прозвище могло закрепиться за конкретным человеком из-за его походки или образа жизни, но со временем потеряло первоначальный смысл и стало просто родовым именем.