Фамилия Клипкалиев — редкая, и её происхождение почти наверняка ведёт в тюркскую среду. Основа здесь — личное имя Клипкали (или Клыпкали), которое представляет собой народную переделку арабского имени Кали (сокращение от Калим, «говорящий», или Калиулла, «слово Божье») с добавлением начального компонента «Клип-». Этот элемент, скорее всего, восходит к тюркскому «клып» или «кылып» — причастной форме от глагола «делать, совершать». В сочетании имя могло означать «сделанный (как) Кали» или «сотворённый для Кали», то есть ребёнок, рождённый по обету или в честь предка по имени Кали. Такие сложносоставные имена с причастным оборотом характерны для казахской и ногайской антропонимии.

Суффикс -ев указывает на русскую адаптацию фамилии в документах. В тюркской среде фамилия звучала бы как Клипкалиулы (сын Клипкали) или Клипкаликызы (дочь Клипкали), но при переходе в русскоязычную канцелярию XIX–XX веков её записали по стандартной модели: основа + -ев. Это типичная ситуация для фамилий казахов, башкир и татар, чьи имена оформлялись патронимическим суффиксом при получении паспортов или призыве в армию.

Географически фамилия тяготеет к Западному Казахстану и прилегающим районам России (Астраханская, Оренбургская области), где исторически кочевали роды, входившие в Младший жуз. Встречается она и у казахов, и у ногайцев, причём в ногайском языке форма «клип» (кылып) сохранилась как деепричастие, что делает версию с обетным именем ещё более правдоподобной.

В отличие от фамилий на -ов/-ев, образованных от профессий или прозвищ, Клипкалиев — чисто патронимическая фамилия: она не описывает занятие предка, а прямо указывает на его личное имя. Поэтому носитель фамилии с высокой вероятностью происходит от человека по имени Клипкали, жившего не позже середины XIX века. Других версий — от географических названий или прозвищ — для этой фамилии не существует, и притягивать их искусственно не стоит.