Фамилия Клочковський — характерный пример украинской фамилии, образованной по польской модели. Суффикс -ський (польск. -ski) указывает на шляхетское или, чаще, на топонимическое происхождение: так называли человека по названию местности, откуда он родом или которой владел.

Основа «Клочков-» восходит к прозвищу Клочко. В украинском и польском языках «клочок» — это небольшой клок, пучок (шерсти, волос, сена). Прозвище Клочко могли дать человеку за лохматые, торчащие в разные стороны волосы или за неопрятный, взлохмаченный вид. В переносном смысле — за неуживчивый, «ершистый» характер. Таким образом, Клочковський — это потомок человека по прозвищу Клочко, который либо жил в селе с названием Клочки, Клочково, либо получил фамилию от отца.

В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, которые часто означали принадлежность («чей сын?»), украинские фамилии на -ський чаще фиксировали место жительства или сословную принадлежность. В Речи Посполитой, куда входила значительная часть украинских земель, окончание -ський было маркером дворянства, но со временем его переняли и крестьяне, особенно при записи в реестры. Поэтому носитель фамилии Клочковський мог быть как шляхтичем из имения Клочки, так и крестьянином, которого записал грамотный писарь по месту рождения.

У фамилии есть и русский аналог — Клочков (с тем же корнем, но другим суффиксом). Украинская форма на -ський встречается реже и чаще локализуется в западных и центральных областях Украины, а также среди потомков украинских переселенцев. Встречается вариант написания через «и» — Клочковский, что характерно для русифицированных записей в документах Российской империи.