Фамилия Клочковы — одна из тех, что построены по самой привычной для русского уха модели: основа прозвища плюс суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Клочка). В основе лежит прозвище Клочок, а оно, в свою очередь, восходит к слову «клок» — кусок, пучок, вырванная часть чего-либо. Но за этим простым объяснением скрывается несколько разных житейских ситуаций, в которых человек мог получить такое прозвище.

Слово «клок» в русских говорах обыгрывали по-разному. «Клочить деньги» означало сорить ими, транжирить. «Клочить волос» — ходить непричесанным, лохматым. А «клочить сома» — это уже рыбацкий термин: ловить рыбу на особую снасть с клоком — звуковой приманкой. Прозвища Клок и Клочок встречаются в документах с давних пор, так что фамилия могла закрепиться за потомками и мота, и нечёсы, и рыбака — в каждом регионе своя история.

Самые ранние упоминания фамилии относятся к XV–XVI векам. В писцовых книгах встречаются крестьяне и посадские люди Клочковы, что говорит о её широком бытовании среди непривилегированных сословий. Позже фамилия поднялась и по социальной лестнице: достаточно вспомнить историка XIX века Михаила Васильевича Клочкова, автора работ о населении России при Петре Великом и дворянском самоуправлении при Павле I.

Интересно, что фамилия Клочковы не единственная в этом гнезде. Есть однокоренные Клоковы, Клочковы, а также более редкие Клочихины — с суффиксом -ихин, характерным для северных и сибирских фамилий. В отличие от них, форма на -ов указывает на центральные и южные области России. Точное место возникновения фамилии назвать сложно, но её география охватывает всю европейскую часть страны — от новгородских земель до рязанских.