Фамилия Клочихины — одна из тех, что образована по так называемой «материнской» модели. Вместо привычного суффикса -ов или -ин, указывающего на отца, здесь стоит суффикс -ихин. Такая форма была распространена в северных и центральных губерниях России, особенно в Архангельской, Вологодской и Вятской областях. Она означала «чей?» — то есть «сын Клочихи» или «из семьи Клочихи». Это сразу отличает фамилию от более массовых вариантов вроде Клочков или Клочковских.

В основе фамилии лежит прозвище Клочиха. Корень здесь — «клок», то есть пучок, вырванный кусок чего-либо. Прозвище могли дать по нескольким причинам. Первая и самая очевидная — за внешность: неопрятные, спутанные волосы, которые торчат клоками. В старых говорах «клочить волос» значило ходить нечёсаным. Вторая версия связана с характером: глагол «клочить деньги» означал мотать, сорить, тратить без толку. Третья, более редкая, относится к рыбной ловле: «клочить сома» — ловить рыбу на особую снасть с клоком, издающим звук. В любом случае, прозвище Клочиха было вполне живым и обиходным.

Сам прозвищный ряд — Клок, Клочок, Клочиха — известен по русским писцовым книгам с XV–XVI веков. Это не единичный случай, а целая группа имён, образованных от одного корня. Ономасты (в частности, работы Б. Унбегауна) относят такие фамилии к древнейшему пласту русских прозвищ, которые описывали человека по его заметной черте — внешней или поведенческой.

Фамилия Клочихин (в мужском варианте) и Клочихина (женском) фиксируется в переписях XIX века в основном на севере и северо-востоке европейской России. Встречается она и в современных справочниках по фамилиям Вятской губернии, что подтверждает северное происхождение. Форма на -ихин, а не на -ов, — ещё одно указание на регион: в южных и центральных областях предпочли бы Клочков.

Сегодня носители фамилии живут в разных регионах, но её корни остаются в тех краях, где слово «клочиха» было понятно без словаря. Фамилия Клочихины — не выдумка канцеляриста, а живое прозвище, закрепившееся за родом.