Фамилия Клочинова — женская форма, а мужская, Клочинов, образована по самой распространённой в России модели: от прозвища или имени, оканчивающегося на согласный, с помощью суффикса -ов. Основа здесь — Клочин.

Вопрос в том, что такое «клочин». Самое прямое объяснение лежит в диалектной лексике. В северных и центральных говорах «клоч» или «клочина» — это пучок, клок, например, сена, льна или шерсти. Прозвище Клочок или Клочин могли дать человеку с неряшливой, торчащей в разные стороны шевелюрой или тому, кто ходил в рваной, «клочковатой» одежде. В ономастическом словаре Б. Унбегауна есть фамилии Клочков и Клочин — они одного корня, но различаются суффиксом: -ок и -ин. Клочинов — более редкий вариант, где к основе Клочин прирос патронимический суффикс -ов, что иногда указывает на более позднее оформление фамилии или на то, что исходное прозвище бытовало в форме «Клочина» (с окончанием -а), а от него уже пошёл род.

Есть и другая, менее очевидная версия. В некоторых областях «клочить» значило «чесать, трепать лён», а «клочильщик» — это работник, который это делал. Тогда Клочинов — потомок того, кто занимался первичной обработкой льна, ремеслом, распространённым на Русском Севере и в Поволжье. Эта версия может быть правдоподобнее простого прозвища, так как связывает фамилию с конкретным занятием, а не с внешностью.

В написании фамилии есть одна особенность: суффикс -инов, а не -ов. Это встречается реже, но не меняет смысла. Встречаемость фамилии невысокая, она не входит в списки самых распространённых, что говорит о её локальном происхождении — скорее всего, из одной или нескольких соседних деревень. Точно сказать, из какой губернии пошёл род Клочиновых, без генеалогического исследования сложно, но логично искать предков в льноводческих регионах: Костромской, Ярославской, Вологодской или Тверской областях.