Фамилия Клочковская — типичный пример того, как географическое имя превращается в фамилию. Её основа — топоним, то есть название места. Скорее всего, первый носитель фамилии происходил из села или деревни с названием Клочково, Клочковка или Клочки. Таких поселений в России и на Украине несколько десятков, поэтому определить точную «малую родину» конкретной ветви Клочковских без генеалогического исследования невозможно.

Суффикс -ск- в фамилии указывает на её «дворянское» происхождение по модели образования. В XVII–XIX веках фамилии на -ский/-цкий получали в основном шляхта, духовенство и выходцы из городов или сёл, которые записывались по месту рождения. Однако это не значит, что все Клочковские — потомки аристократов. Крестьяне, переселившиеся в другую губернию, тоже могли получить такую фамилию при переписи, особенно если их прежнее место жительства называлось Клочково. На Украине фамилия Клочковська (с мягким знаком) встречается чаще, чем в России, что связано с распространённостью топонимов на -івка/-овка в украинских землях.

Корень клоч- восходит к слову «клочок» — небольшой участок земли, клок сена или шерсти. В прозвищах Клочок могло означать невысокого, щуплого человека или того, кто владел крошечным наделом. Но в случае с фамилией Клочковская первичен именно топоним, а не прозвище. Встречаются и однокоренные фамилии: Клочков (от прозвища), Клочко (украинская форма), Клочковский (польский вариант). Клочковская — женская форма, но в современном употреблении она не склоняется по роду: мужчина — Клочковский, женщина — Клочковская.

В Синодике (списках) московских бояр и дворян XVI–XVII веков фамилия Клочковские не фиксируется как родовая. Это говорит о том, что она возникла позже, в основном в среде однодворцев или казачества. В XIX веке Клочковские встречаются среди мещан и крестьян Черниговской, Полтавской и Курской губерний. Если ваши предки носили эту фамилию, стоит искать их в метрических книгах именно этих регионов — там вероятность найти корни выше всего.