Фамилия Клокотина — женская форма фамилии Клокотин, и её разумнее разбирать через мужской вариант. Ключ к пониманию — корень «клокот-», который прямо отсылает к глаголу «клокотать». В древнерусском языке это слово означало бурлить, кипеть, издавать глухой прерывистый шум — так говорят о воде в котле, о весеннем ручье или о толпе в гневе. Прозвище Клокот или Клокота могли дать человеку шумному, вспыльчивому, с крутым нравом, который «кипит» по любому поводу. Вторая, менее очевидная версия — прозвище по профессии: на юге России «клокотом» называли густой куриный бульон, а повара или торговца горячей похлёбкой могли прозвать Клокотом.

Модель образования типична для русских отпрозвищных фамилий: суффикс -ин указывает на принадлежность — «чей?» — «сын Клокоти» или «внук Клокота». В древнерусских документах встречаются похожие прозвища: в актах XV–XVI веков упоминаются крестьяне с именами Клокот, Клокоть, что подтверждает реальность такой основы. Фамилия недворянская, скорее всего, крестьянская или посадская: прозвища по характеру давали в разных сословиях, но закрепились они чаще в среде, где не было родовых имён.

Географически фамилия Клокотин (и Клокотина) тяготеет к центральным и южным областям России — Воронежской, Тамбовской, Рязанской губерниям. В этих краях слово «клокотать» бытовало в живой речи дольше, чем на севере. Интересная деталь: в некоторых говорах «клокот» означало ещё и горловой звук, хрип — так могли прозвать человека с сиплым голосом. Таким образом, у фамилии не один, а три возможных источника: характер, профессия или физическая особенность, и все они укладываются в логику русской ономастики.