Фамилия Клокотова — женская форма фамилии Клокотов, и её разбор стоит начать с мужского варианта. Основа здесь — слово «клокот». В русских говорах «клокотать» означает бурлить, кипеть, издавать глухой шум (как вода в котле или волна). Прозвище Клокот могли дать человеку с неспокойным, взрывным характером — тому, кто «кипел» от возмущения или говорил с напором. В этом случае фамилия — типичная для восточнославянской модели, где прозвище по поведению переходило в наследственное имя.

Есть и вторая, менее очевидная версия. В некоторых диалектах «клокот» — это звук, который издают птицы, например, аисты или журавли. Тогда прозвище могло быть связано с голосом: либо человек говорил громко, отрывисто, либо у него была профессия, связанная с птицами (скажем, охотник или птицелов). Однако эта гипотеза слабее — звукоподражательные прозвища чаще давали напрямую (Гусь, Соловей), а не через глагол.

Суффикс -ов- указывает на принадлежность: Клокотов — буквально «сын Клокота». Такая модель в XVI–XVII веках была самой распространённой при образовании фамилий у крестьян и посадских людей. Фамилия недворянская, но и не редкая: она встречается в центральных областях России, особенно в Поволжье и на Урале, куда переселялись крестьяне в XVIII–XIX веках.

С точки зрения орфографии, вариант «Клокотова» с ударением на второй слог (Кло-ко́-то-ва) — основной. В документах иногда путают с однокоренными «Клокотовский» или «Клокотин», но они образуются от разных суффиксов (-ск- и -ин- соответственно) и имеют иную географию.

Что можно сказать с уверенностью: предки носителей фамилии Клокотовы — скорее всего, люди из крестьянской или мещанской среды, получившие прозвище за бурный нрав или, реже, за манеру речи. Никаких аристократических корней или громких исторических фигур за этой фамилией не числится — это обычная русская фамилия, каких тысячи, но со своим колоритом.