Фамилия Клубаев — редкий пример тюркского или кавказского корня, адаптированного русской патронимической моделью. Её основа — слово «клуб», но не в значении «танцевальный зал» или «досуговое учреждение». В диалектах и языках Северного Кавказа, Поволжья и Средней Азии «клуб» (или близкие формы) могло означать «кусок», «ком», «глыба» или «шишка». Такое прозвище давали человеку коренастому, плотному, либо тому, кто выделялся округлой фигурой. Вторая версия, менее вероятная, но встречающаяся в ономастике: от тюркского «кюлюб» — «пепел» или «зола», что могло указывать на профессию (зольщик, угольщик) или внешность (светлый, пепельный цвет волос).

Суффикс «-ев» указывает на русскую форму притяжательного прилагательного: «чей?» — Клубаев, то есть сын или потомок человека по прозвищу Клуб. Такая модель типична для фамилий, образованных на территории России от нерусских основ в XVI–XIX веках, когда тюркские и кавказские прозвища русифицировались при записи в документы. Клубаевы могли быть выходцами из татарских, башкирских, кумыкских или ногайских родов, осевших в русских губерниях, либо крещёными инородцами.

География фамилии сегодня размыта, но заметные следы — в Оренбургской, Астраханской областях и Ставропольском крае, то есть в зонах исторического контакта славянского и тюркского населения. Встречаются Клубаевы и в Казахстане, что подтверждает связь с кочевыми группами.

Спорный момент — возможная связь с русским словом «клубиться» (дым, пар). Однако для прозвища такая основа маловероятна: русские фамилии от глагольных корней обычно образуются через суффиксы деятеля («клубитель» — не зафиксировано). Поэтому тюркская версия остаётся основной. Никаких известных дворянских родов или знаменитых носителей с этой фамилией в истории нет — она осталась в крестьянской и мещанской среде, что типично для поздних патронимов из окраинных регионов.