Фамилия Клубакова — женская форма от мужской Клубаков, и её происхождение неочевидно на первый взгляд. Основа здесь — «клубак» или «клубок», но не в прямом значении мотка ниток, а в переносном, прозвищном. Суффикс -ов указывает на типичную русскую модель образования от прозвища или имени отца: «чей?» — Клубакова, то есть дочь или жена Клубакова.

Прозвище Клубак в русских говорах могло означать человека круглого, плотного, сбитого — как клубок. В некоторых диалектах «клубаком» называли не только предмет, но и неуклюжего, медлительного человека, который «катится», как клубок. Есть и другая, менее распространённая версия: в псковских и тверских говорах «клубака» — это вид гриба, чаще всего дождевика, круглого и белого. Тогда прозвище мог получить грибник или человек с характерной внешностью.

Ономастические справочники, например работы Б. Унбегауна, относят такие фамилии к разряду «отпрозвищных», образованных от нарицательных существительных. В данном случае редкий корень «клубак» почти не встречается в других фамилиях, что делает Клубакову уникальной. Географически фамилия тяготеет к северо-западу России — Псковская, Новгородская области, где диалектное слово «клубака» бытовало активно.

Встречается и вариант написания через «о» — Клобакова, но это уже иная этимология, связанная с «клобуком» (головной убор монаха). Для Клубаковой же исходное прозвище остаётся в кругу бытовых, даже немного шутливых характеристик человека. Предок носительницы этой фамилии, скорее всего, был либо круглолицым и плотным, либо получил прозвище за сходство с грибом-дождевиком — в любом случае, прозвище давали по заметной внешней черте.